La Biblioteca dell’Accademia possiede un prestigioso fondo antico, oggi custodito per la maggior parte presso la Biblioteca comunale di Assisi. La consistenza del patrimonio, accumulatosi nel tempo soprattutto grazie alle donazioni di accademici illustri, è di circa cinquemila volumi.
Tra i molti testi antichi non mancano esemplari di un certo valore, è il caso ad esempio un prezioso incunabolo, l’Ars grammatica di Diomede unita ad alcuni trattati di altri celebri grammatici latini, la cui data di stampa, assente nel testo, i repertori riportano al 1475 circa. Le opere naturalmente rispecchiamo gli interessi degli accademici che di esse un tempo fruirono, dunque esse riguardano soprattutto la storia, in particolare le “locali antichità”, la letteratura, la poesia.
Non sono pochi inoltre i volumi legati a temi di carattere teologico e filosofico, dato spiegabile in virtù dell’appartenenza di molti accademici ad ordini religiosi e, considerato il contesto cittadino, soprattutto a quelli francescani. Di notevole interesse, anche se ad oggi manca ancora uno studio approfondito su di essi, sono anche i manoscritti custoditi nell’Archivio dell’Accademia, alcuni dei quali rappresentano un punto di riferimento obbligato per la storia locale della cultura.
L’Archivio dell’Accademia Properziana conserva documentazione a partire dal 1818, anno della sua rifondazione dopo il periodo napoleonico (tracce precedenti sono conservate presso l’Archivio di S. Rufino); contiene gli statuti, verbali delle riunioni, corrispondenza, carte contabili, manifesti e locandine delle attività degli accademici, una fototeca.